Siswa SMA tahun kedua Ichirou Satou selalu menjadi orang yang biasa-biasa saja—sampai akhirnya ia bertemu dengan beberapa situasi yang tidak biasa dengan gurunya, Kana “The Demon” Kojima. Kojima adalah guru bahasa Jepang Satou yang terkenal kejam sehingga bahkan anak-anak nakal di sekolah pun tunduk padanya. Pada suatu hari yang menentukan, keadaan menjadi semakin buruk ketika Satou bertemu dengan Kojima di kamar mandi, yang membuat mereka saling bertemu secara intim yang membuat imajinasinya menjadi liar selama berhari-hari setelahnya.
Nande Koko ni Sensei ga? mengikuti kehidupan sehari-hari Satou dan gurunya saat mereka terus bertemu dalam kondisi yang sama, semakin dekat di setiap pertemuan.
