Sebuah tim yang terdiri dari tiga gadis penyihir yang dikenal sebagai Tres Magia melindungi kota tempat tinggal Utena Hiiragi. Seperti banyak orang lainnya, Utena mencintai gadis-gadis penyihir yang dengan gagah berani berjuang atas nama keadilan. Suatu hari, karakter maskot hitam misterius muncul di hadapan Utena dan memberinya kesempatan seumur hidup: kesempatan untuk berubah menjadi gadis penyihir.
Namun, tawaran itu tidak seperti yang terlihat, karena Utena telah direkrut oleh organisasi jahat untuk melawan gadis-gadis penyihir yang selalu dikaguminya. Utena kemudian dipaksa untuk menghadapi Tres Magia dalam pertempuran; tetapi alih-alih merasa menyesal, dia tiba-tiba menemukan kesenangan dalam menimbulkan rasa sakit pada gadis-gadis penyihir. Sepenuhnya menyerah pada keinginannya, Utena menerima perannya sebagai penjahat, perlahan-lahan mengubah kekagumannya pada gadis-gadis penyihir menjadi obsesi sadis baru.
